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Le microbiote intestinal : qu’est-ce que c’est ?

Quelle est la nature des 100 000 milliards de micro-organismes présents dans nos intestins ? Comment sont-ils organisés ? D’où viennent-ils ? Avons-nous tous le même microbiote ? Celui-ci évolue-t-il au cours de la vie ? Les progrès récents des techniques d’exploration ont permis d’apporter des réponses à ces questions. Mieux connaître le microbiote intestinal c’est mieux en comprendre l’importance. 

Description du microbiote

Ces bactéries qui font l'homme

CES BACTÉRIES QUI FONT L'HOMME

L’homme héberge dans son tube digestif quelques 100.000 milliards de micro-organismes vivant en bonne intelligence avec lui. Aujourd’hui, les scientifiques désignent cet écosystème vivant microscopique par le terme de « microbiote intestinal ».

Colonisant l’ensemble du tube digestif selon un gradient croissant de concentration  oral-anal, les micro-organismes sont particulièrement abondants dans le côlon. C’est à ce niveau que leur concentration est maximale, pouvant atteindre cent milliards par gramme de contenu colique.

La composition du microbiote

LA COMPOSITION DU MICROBIOTE

Parmi les espèces bactériennes qui constituent le microbiote, les anaérobies strictes sont présentes en plus grande quantité que les autres. Elles représentent plus de 99% des bactéries présentes. Elles constituent le microbiote dominant. Elles appartiennent à  3 grandes familles ou groupes « phylogénétiques » : les Firmicutes, les Bacteroidetes et les Actinobacteria. Il  existe également un microbiote sous-dominant, moins répandu, constitué de bactéries anaérobies facultatives.

En complément des microbiotes dominant et sous-dominant transite un microbiote de passage, très polymorphe, composé entre autres de bactéries lactiques et de levures. 
 

L'exploration du microbiote

L'EXPLORATION DU MICROBIOTE

Les techniques de microbiologie classique de mise en culture sont très difficilement applicables aux bactéries du tube digestif puisque la très grande majorité d’entre elles se développe en l’absence d’oxygène. L’utilisation récente d’approches moléculaires, basées sur l’ARN ribosomique 16S comme marqueur phylogénétique, a bouleversé la vision du microbiote intestinal. Un peu plus de 1.000 espèces bactériennes entrent dans la composition du microbiote humain. Chacun d’entre nous en héberge environ 200. Chaque individu a donc un microbiote qui lui est propre en termes de combinaison d’espèces.

Une étape supplémentaire dans la découverte du microbiote est  en train d’être franchie : la métagénomique. Elle vise à déterminer la séquence du génome des bactéries composant le microbiote intestinal. C’est un travail colossal qui mobilise des chercheurs et des moyens du monde entier. On s’aperçoit d’ores et déjà de l’existence de similitudes entre les gènes bactériens laissant présager que si le microbiote de chacun d’entre-nous est unique, il accomplit globalement les mêmes fonctions. La métagénomique pourrait permettre de faire du microbiote un élément prédictif de certaines maladies. On pourrait alors envisager en modifiant sa composition d'établir des diagnostics précoces, voire de prévenir certaines pathologies.

Le microbiote au cours de la vie

LE MICROBIOTE AU COURS DE LA VIE

A la naissance notre tube digestif est stérile. Dès que les membranes fœtales se rompent, la colonisation bactérienne commence. Le mode d’accouchement, le type d’alimentation, l’environnement et l’hygiène, puis la prise de médicament ou la diversification alimentaire  influencent cette  colonisation bactérienne chez le nouveau-né. La composition du microbiote intestinal se complexifie ensuite progressivement avec l’âge.

Si le microbiote est relativement stable dans le temps, sa composition au cours de la vie, peut varier transitoirement en fonction des conditions extérieures : régime alimentaire, infections virales ou bactériennes, prise d’antibiotiques... Il tend néanmoins à revenir à son état initial en 1 à 2 mois, ce qu’on appelle la capacité de résilience. Cependant cette succession de déséquilibres transitoires peut avoir des conséquences néfastes sur la santé. 
 

À DÉCOUVRIR DANS L’ESPACE PROFESSIONNEL

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